Muzeum prowadzi działalność wystawienniczą, edukacyjno-oświatową, naukową oraz wydawniczą. Obecnie można zwiedzić cztery wystawy: „Myślibórz we wczesnym średniowieczu”, „Z dziejów Myśliborza”, „Historia i etnografia”, Galeria „M” ze sztuką współczesną. Wśród licznych eksponatów można zobaczyć m. in.: eksponaty z wczesnego średniowiecza, wydobyte podczas prac archeologicznych, ceramikę z warsztatu garncarskiego, renesansowe piece kaflowe, krucyfiks z XV wieku, pochodzący z Kapliczki Jerozolimskiej, narzędzia rolnicze i gospodarstwa domowego czy dokumenty z lat 1945-1950.
Z Muzeum Pojezierza Myśliborskiego powiązany jest również Ośrodek Edukacji Plastycznej, mający siedzibę w Kaplicy św. Gertrudy.
Budynek muzeum - kaplica św. Ducha została wzniesiona w XIV wieku. Nie jest znany pierwotny opiekun. Historycy domniemają, że pełniła rolę kaplicy margrabiego lub jednej z gildii kupieckiej. W okresie reformacji straciła funkcję sakralną. W XVI wieku wykorzystywano ją jako owczarnie i browar, a od XVIII wieku jako magazyn soli. W XIX wieku mieściła remizę strażacką i mieszkania. Po II wojnie światowej ponownie pełniła funkcje magazynowe, a od 1979 roku jest siedzibą Muzeum Pojezierza Myśliborskiego.
Kaplicę wzniesiono w stylu gotyckim na planie prostokąta. W dolnych partiach jako budulca użyto kamienia, a w górnych cegły. Całość przykrywa ceramiczny dwuspadowy dach. Do budynku prowadzą dwuskrzydłowe drzwi z ostrołukowym portalem z okrągłym oknem. Uwagę przykuwa również dekoracyjny ceglany fryz, umieszczony pod gzymsem.