Został utworzony w 2007 roku, a w 2009 roku powiększono go do prawie 67 ha, wówczas też ustanowiono obszar otuliny o wielkości blisko 216 ha.
Jak sama nazwa wskazuje jest to rezerwat utworzony na terenach torfowisk. Celem ochrony obszaru jest zachowanie torfowiska wraz z jego bogatą i urozmaiconą roślinnością oraz kontrola nad stałym procesem zmniejszania się jeziora Konotop, które wysycha i zarasta roślinnością przybrzeżną.
Jest to najcenniejsze oraz najlepiej zachowane i utrzymane torfowisko całego regionu. Jest niesamowicie wartościowe pod względem botanicznym. Występuje tu cały wachlarz wspaniałych i rzadkich roślin tj.: bażyna czarna - istna perła na tym obszarze, która co ciekawsze, podobnie jak skrzyp pstry, nie występuje w pobliskim Drawieńskim Parku Narodowym. Typowe dla regionu jest występowanie kłoci wiechowatej na styku torfowiska z jeziorem.
Innymi cennymi roślinami rezerwatu są: rosiczka długolistna czy kryszczyk błotny. Obok tak unikatowych gatunków roślin, spotykane są pospolite sosny i brzozy, w coraz większej ilości. Może to w dalszej przyszłości zmienić charakter miejsca – w takich warunkach najprawdopodobniej utworzy się gęsty las o wilgotnym, a wręcz bagiennym podłożu.
Może się to jednak szybko zmienić, a to dzięki gospodarce leśnej stosowanej w obrębie torfowiska oraz terenów przyległych. Niekorzystne wycinki drzew okalających rezerwat zniszczyły częściowo ekosystem terenu, lecz utworzona otulina rezerwatu stanowczo poprawiła sytuację miejsca.
Podobnie jak inne rezerwaty Torfowisko Konotop nie jest otwarte dla turystów w całej swojej okazałości. Zachęca się turystów do korzystania z walorów przyrodniczych otuliny rezerwatu, która jest dostępna dla zwiedzających i przedstawia równie ciekawy krajobraz torfowiskowy.