Kłębowiec to wieś określana jako klasztorna, kiedyś należała do zakonu templariuszy lub joannitów, niestety, dokładne wzmianki na ten temat nie zachowały się. Od XVI wieku do 1785 roku należała do rodziny Golców. Wiadomo, że pierwszy kościół w tej miejscowości został zbudowany w 1499 roku i był on filią parafii św. Mikołaja w Wałczu. W 1535 roku właściciel wsi przekazał kościół protestantom. W 1720 roku Trybunał Koronny oddał świątynię katolikom, a w 1740 roku decyzją biskupa poznańskiego powróciła ona pod wezwanie św. Heleny. W 1857 drewniany kościół spłonął w wyniku pożaru.
Nowy kościół został zbudowany dopiero w latach 1925/26. Jest to budynek bezstylowy, zaprojektowany na planie prostokąta, z półkolistym prezbiterium oraz małą zakrystią na planie prostokąta przylegająca do ściany bocznej prezbiterium. Nad częścią przednią budynku wznosi się niska, czworokątna, oszalowana wieżyczka z małymi okienkami zamkniętymi drewnianymi żaluzjami. Wieżyczka zwieńczona jest sześcioboczną, drewnianą sygnaturką, przykrytą cebulastym ożebrowanym hełmem zakończonym metalowym krzyżem, na którym przypięta jest cierniowa korona. Budynek jest w całości otynkowany. W ścianach bocznych znajdują okna wykończone łagodnymi łukami, przy czym w ścianie zachodniej widnieją trzy okna, natomiast we wschodniej dwa okna i boczne wejście, a nad nim okrągłe okno. Okna te opasają obramienia z ciemnobrązowego tynku z ozdobnym klinem u szczytu. Podobne okna znajdują się w trzech ścianach prezbiterium. Okna wypełniają witraże. Jedynie okno zakrystii ma kształt zbliżony do kwadratu i pozbawione jest witraży. Zakrystia przykryta jest jednospadowym dachem, prezbiterium czterospadowym, korpus główny ma dwuspadowy dach. Dodatkową ozdobą są skromne gzymsy podokapowe.