Zbór ewangelicki powstał w Prusinowie w roku 1843 lub w roku 1863 – istnieją różniące się zapiski na ten temat. Wiadomo natomiast, że obecny kościół został zbudowany w 1865 jako zbór ewangelicki. Kościół katolicki w tej wsi istniał już przed 1641 roku i należał najpierw do parafii w Tucznie, później do parafii w Nakielnie. W zapiskach z tego bowiem roku jest wymieniany jako budynek z pruskiego muru. W pierwszej połowie XVIII wieku był on gruntownie remontowany lub nawet budowany całkowicie od nowa. Najwyraźniej efekt był kiepski, bo w roku 1864 kościół ten został rozebrany a na jego miejscu w 1865 roku wymurowano nowy. Ten z kolei został zniszczony w znacznym stopniu w 1945 roku i poddany rozbiórce w latach pięćdziesiątych XX wieku.
Obecnie jako kościół katolicki użytkowana jest była świątynia ewangelicka, poświęcona w 1947 roku. Jest to budynek na planie prostokąta, ze skromnym wystrojem architektonicznym, bez wieżowy, przykryty dwuspadzistym dachem. W ścianie szczytowej budynku znajduje się portal wejściowy z drewnianymi dwuskrzydłowymi drzwiami i półkolistym nadświetlem. W szczycie ściany widnieje okrągła, nietynkowana blenda wyodrębniona z muru ceglaną opaską. Dwa gzymsy z wysuniętych pojedynczych rzędów cegieł dzielą ścianę szczytową na trzy części. Szerokie lizeny akcentują narożniki budynku, na ścianach szczytowych zwieńczone są gzymsem podokapowym wyprowadzonym ze ścian bocznych.
W ścianach bocznych znajdują się po dwa symetrycznie rozmieszczone okna zamknięte od góry półkoliście. Tylna ściana szczytowa zdobna jedynie narożnymi lizenami i dwoma gzymsami zachowała jeszcze ślad zamurowanego niegdyś okna.
W roku 1978 obok kościoła postawiono drewnianą dzwonnicę, która w późniejszych latach otrzymała metalową konstrukcję.