Pierwsze wzmianki o Czarnowie pochodzą z X-XI wieku jako o grodzie plemienia Pyrzyczan. Według legendy pierwszym właścicielem osady był rycerz Blankenburg, który wybudował tam zamek, z czasem zburzony. Ziemie dzisiejszego Czarnowa sąsiadowały z Brandenburgią, więc często były obiektem najazdów i zniszczeń. Od 1322 roku wieś należała do miasta Pyrzyce. Jej wcześniejsze nazwy to Czernow i Cerno. Po zniszczeniach w czasie wojny trzydziestoletniej zaczęto ją odbudowywać począwszy od 1647 roku, jednak już wcześniej we wsi został wybudowany kościół.
Powstanie kościoła w Czarnowie datuje się na początek XVII wieku. W 1601 rok w centralnym punkcie wsi powstała świątynia orientowana, zbudowana na planie wydłużonego prostokąta. Została ona wzniesiona z polnych kamieni pokrytych wapienną zaprawą. Dach świątyni od strony nawy był dwuspadowy, pokryty dachówką. Pod koniec XVIII wieku kościół został odnowiony i otynkowany, jednak nie stracił swojego początkowego kształtu i budowy. O czasie powstania i remontu świątyni świadczą daty 1601 i 1750, które wciąż można zobaczyć na południowej elewacji zabytku, gdzie dawniej znajdowało się wejście. Obecnie jest ono zamurowane. Kolejnych zmian w świątyni dokonano w 1696 roku, kiedy do kościoła dobudowano drewnianą wieżę, zmienioną kilkadziesiąt lat później na wieżę murowaną. Wieża ta istnieje do czasów współczesnych. Jest to wieża złożona z pięciu kondygnacji o przekroju kwadratowym, na szczycie zwieńczona jest latarnią z barokowym hełmem. Wieża stanowi obecnie jedyne dostępne wejście do świątyni.We wnętrzu świątyni warto zwrócić uwagę na: strop drewniany, belkowany, ołtarz oraz ambonę z XVIII wieku oraz ławki z XIX wieku.
Kościół usytuowany jest na placu otoczonym ok. 2,5 metrowym kamiennym murem z ceglanym obdaszkiem, czyli jednospadowym daszkiem przykrywającym ogrodzenie kościoła. Od południowej strony mur jest ceglany. Plac na którym stoi kościół, jak wiele tego typu miejsc w dawnych czasach, był również cmentarzem o czym świadczą nagrobki zachowane do dzisiaj w jego zachodniej części. Wokół murów okalających kościół rosną kilkudziesięcioletnie lipy.
Od 1946 roku kościół został poświęcony pod wezwaniem Ducha Świętego przez ks. Stanisława Koszarka z Towarzystwa Chrystusowego.
Obecnie kościół leży na terenie parafii rzymskokatolickiej pw. Matki Boskiej Wspomożenia Wiernych w Baniach, w dekanacie Banie.