Kościół Mariacki w Chojnie to monumentalna budowla, jeden z największych gotyckich kościołów w Polsce. Jest to budowla halowa z emporą w chórze i wieńcem kaplic. Przypory wewnętrzne mają formę pilastrów i tworzą górny krużganek. Nawa główna posiadała bogato dekorowane, krzyżowo-żebrowe gwiaździste sklepienie. Świątynia została wzniesiona w latach 1389–1407 z ciosów granitowych. Powstał na poprzedniej świątyni wzniesionej również z ciosów granitowych. Prace budowlane nad obecnym kościołem rozpoczęły się w II połowie XIV w. Realizację projektu rozpoczęto od budowy prezbiterium z cegły oraz trzech przęseł korpusu nawowego. Konsekracja chóru gotyckiego nastąpiła w 1407 r. Dopiero po ponad pięćdziesięciu latach (1459) zakończono prace wnoszenia przęseł nowego korpusu nawowego, tym samym nastąpiło uroczyste poświęcenie kościoła. Trójnawowy korpus oparto od zachodu o masywną wieżę kościoła. Autorem tego imponującego dzieła jest Henryk Brunsberg ze Szczecina, architekt, autor m.in.: chóru kościoła Najświętszej Marii Panny w Stargardzie Szczecińskim, gotyckiego ratusza w Szczecinie i kościoła św. Katarzyny w Brandenburgu. Z zewnątrz kościół ozdobiony został glazurowaną cegłą. W spisie z 1724 r. widnieje notatka o 18 naściennych epitafiach i 26 kamiennych nagrobkach we wnętrzu świątyni.
Neogotycka wieża jest wysoka na 102 metrów. Jej obecna bryła powstała w latach 1859–1861. Pod koniec lat 30. XIX w. wieża kościoła miała rozległą sieć pęknięć. Próby uratowania wieży się nie powiodły, w czasie remontu zawalił się południowo-zachodni narożnik. Postępujące zniszczenie wieży zmobilizowało mieszkańców miasta, stąd w połowie XIX w. podjęto wysiłek wzniesienia nowego obiektu. Znani architekci: A. Soller i A. Stüler nadali mu formę neogotycką. Okazało się, że po dwudziestu latach od budowy na wieży musiano przeprowadzić pierwszy remont, a w latach 30. XX wieku wzmocniono konstrukcję. Wybudowano wówczas wieżę o wysokości 94 m.
W 1945 r. kościół został spalony, jednakże nie w czasie działań wojennych a został podpalony przez żołnierzy Armii Czerwonej. Całkowitemu zniszczeniu uległa więźba dachowa oraz runęły sklepienia nad nawą główną i północną. Zachował się obwód murów zewnętrznych wraz z bogatym wystrojem ceramicznym, dwukondygnacyjna kaplica mariacka wraz ze sklepieniem, zakrystia oraz wieża zachodnia, pochodząca z II połowy XIX w. Do momentu pożaru w 1945 r. kościół posiadał bogate wyposażenie barokowe. Do dzisiaj z pierwotnego wyposażenia świątyni zachowały się jedynie gotycka chrzcielnica i kilka fresków.
Następnie przez wiele lat kościół stał zabezpieczony jako trwała ruina. Pomimo to udało się wpisać obiekt do rejestru zabytków, ale dopiero w 1956 r. Odgruzowano wówczas kościół oraz wykonano inwentaryzację konserwatorską zabytku, przeprowadzono wstępne badania architektoniczne, a także wykonano projekt zabezpieczenia i zagospodarowania obiektu. Nie został on jednak zrealizowany, z powodu braku środków finansowych. Dopiero w latach 1968–70 na zlecenie Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków wykonano podstawowe zabezpieczenia z uwagi na groźbę zawalenia się budynku.
Przez całe lata 80. XX w. trwały pertraktacje pomiędzy kurią biskupią a władzami wojewódzkimi, zakończone w 1989 r. aktem notarialnym, przekazującym obiekt wraz z terenem władzom kościelnym. Na początku lat 90. XX w. ruszyły prace dokumentacyjne, przeprowadzono badania stanu technicznego, wykonano założenia techniczno-ekonomiczne. Finansowanie renowacji obiektu przejęła fundacja polsko-niemiecka. Roboty budowlane rozpoczęto latem 1994 r. Dwa lata później kościół pokryty został dachem. W czasie budowy dachu przeprowadzono ocenę techniczną wieży, uznano ją za zagrożoną. Potwierdzenie przyszło w 1997 r., kiedy to obejma uległa rozerwaniu. Zaczęto walczyć z czasem, ewentualna katastrofa korpusu wieży zagrażała kościołowi i pobliskim budynkom wielorodzinnym. Prace trwały do 2000 r., kiedy to 20 grudnia zamontowano zwieńczenie wieży. Od tego czasu wieża znowu góruje nad okolicą, obecnie liczy 102,63 m i należy do najwyższych w Polsce. W wieży mają być zamontowane schody, prowadzące do atrakcyjnego punktu widokowego. Bezsprzecznie malowniczo góruje nad okolicą. Wcześniej, przed zadaszeniem, odtworzono brakujące filary, które teraz obudowywane są cegłą. Równolegle do prac związanych z odbudową wieży, prowadzone były prace konserwatorskie nad odnowieniem tzw. kaplicy maryjnej – pierwszej zakrystii. Prace finansowane były przez stronę niemiecką z prywatnych darowizn. Pomieszczenie jest miejscem spotkań oraz służy, jako salka koncertowa. Prace zostały zakończone w 2002 r. W 1998 r. ufundowano drzwi z brązu i zamontowano je na północnej stronie kościoła, na których przedstawiono chrystianizację Pomorza, wprowadzenie reformacji w Nowej Marchii oraz poszczególne elementy odbudowy kościoła mariackiego. Nad wszystkim roztacza swój płaszcz ochronny Maryja, jako patronka Chojny, którą symbolizuje miedzioryt Caspara Meriana z 1652 r. Projektantem i wykonawcą dawnej „bramy śmierci” był krakowski rzeźbiarz prof. Czesław Dźwigaj. Aktualnie kościół został już w dużej mierze odrestaurowany również w środku.
Kościół użytkowany jest obecnie jako sala koncertowa i wystawowa oraz miejsce, w którym odbywają się nabożeństwa ekumeniczne. Na wieży kościoła, tuż pod odnowionym zegarem, znajduje się taras widokowy dostępny dla turystów. Co roku, w ostatni weekend sierpnia, dawni i dzisiejsi mieszkańcy Chojny biorą wspólnie udział w Dniach Integracji, Przyjaźni i Ekumenizmu. Większość spośród trwających przez trzy dni imprez odbywa się właśnie w Kościele Mariackim.
Kościół swym majestatem i pięknem architektury ściąga do miasta artystów i turystów. Tym samym stanowi jeden z punktów turystycznych w regionie. O jego popularności i wartości świadczy fakt, iż znany reżyser Lars von Tier uwiecznił ruiny kościoła w nagrodzonym w Cannes filmie „Europa”.