Rzymskokatolicka parafia wojskowa św. Wojciecha w Szczecinie została erygowana w 1901 r. przez i dla gminy ewangelickiej, liczącej wówczas ponad tysiąc wiernych. Budynek na początku zwany był Bugenhagenkirche, od nazwiska Jana Bugenhagena. Kościół wybudowany został w latach 1906-1909, wg projektu berlińskiego architekta Jurgena Krogera w stylu neogotyku niemieckiego z elementami neoromanizmu we wnętrzu. W czasie bombardowania miasta w 1944 r. uległy zniszczeniu wieża, dachy i częściowo ściany kościoła.
15 marca 1947 r. Urząd Likwidacyjny w Szczecinie przekazał kościół Duszpasterstwu Wojska Polskiego obrządku rzymskokatolickiego. Po odgruzowaniu i zabezpieczeniu dachu świątyni dnia 24 października 1948 r. została poświęcona jako kościół garnizonowy pod wezwaniem św. Wojciecha. Funkcję tę pełni do dnia dzisiejszego. Odbudowa trwała wiele lat, z przerwą od 1949 do 1957 r. Gdy tylko udało zyskać się większe środki, przystąpiono do pokrycia dachu blachą miedzianą oraz wprawienia w okna kolorowych witraży. W 2009 r. kościół wraz z otoczeniem zostały wpisane do Wojewódzkiego Rejestru Zabytków.