W czerwcu 1294 r. przybył do Bierzwnika konwent cystersów. W 1286 r. mnisi mogli rozpocząć działalność w wybudowanym tam klasztorze. Wszystkie klasztory cysterskie miały charakterystyczny wzór, powstały w IX w (został on opracowany przez Benedyktów w Sankt Gallen).
Dopasowując klasztor do reguł zakonu, podzielono go na dwie części. Jedna część przeznaczona była tylko dla braci wyświęconych, natomiast druga dla braci świeckich. W skład kompleksu wchodził kościół i część wewnętrzna zwana klauzurą, gdzie mnisi mogli prowadzić codzienne życie.
Zniszczony pożarem na początku XIX w., a następnie w 1945 r. W latach 1957-1960 odbudowano tylko skrzydła wschodnie i południowe, adaptując je na plebanię. Od 2002 r. trwa odbudowa pozostałych części założenia.
Dzięki licznym badaniom archeologicznym można zrekonstruować wygląd klasztoru. Podobny jest do klasztoru w Kołbaczu, który stanowił wzór architektoniczny. W części północnej znajdował się kościół z trzema skrzydłami klauzury, krużgankami oraz granitową studnią w wirydarzu.
Dzięki prowadzonym badaniom architektonicznym, zostały odsłonięte takie elementy jak: krypta w chórze kościoła, systemy grzewcze, kanały wodne, pozostałości młyna wodnego. Oznacza to, że działalność cystersów była zarówno religijna, jak i gospodarcza.
Obecnie dawny klasztor należy do Parafii pw. Matki Bożej Szkaplerznej w Bierzwniku.